El Rayo Majadahonda se remonta a 1958, cuando fue creado un equipo amateur conocido como Rayo Majariego, y nace oficialmente en 1976 cuando entre socios y jugadores se forma la primera junta directiva que preside Ramiro Aguilar y una de sus primeras decisiones es inscribir al equipo, que en aquel momento jugaba en la competición de adheridos, en la tercera regional ordinaria, Se trataba de un equipo compuesto por los jóvenes del municipio majariego, el cual contaba con 2000 habitantes por aquel entonces.
Posteriormente el segundo gran objetivo fue conseguir cerrar el Cerro de Espino, lo que se consigue con la ayuda del entonces Alcalde D. Arturo Sanz y la financiación del Hiper. Los directivos y jugadores se comprometieron con el presupuesto de la primera temporada, 600.000 pesetas. Se estableció una cuota anual a los socios de 30 pesetas y se consiguió una subvención del Ayuntamiento por valor de 100.000 pesetas. El resto se consiguió a través de rifas, taquillas donativos y aportaciones de jugadores y directivos
El primer entrenador fue Antonio Ugena, que consiguió un gran éxito deportivo al alcanzar el primer puesto de la clasificación con 47 puntos, 73 goles a favor y 31 en contra, ascendiendo a tercera regional preferente. El equipo debutaría en Tercera División en la temporada 1987-88 con una buena quinta posición, y en los siguientes años se mantendría en la categoría. En la 1994-95 el equipo logró por primera vez quedar entre los 4 primeros al alcanzar la segunda posición, y en las 2 temporadas siguientes el Rayo acabaría siendo líder de su grupo, logrando su primer ascenso a Segunda División B en 1997.
El equipo debutaría en Segunda B en la temporada 1997-98, dirigidos por Antonio Iriondo. Sin embargo, el club descendió a Tercera al quedar en 18º lugar. Un año después el club atravesaría una crisis deportiva que terminó con un último lugar y el descenso a Preferente.
Su regreso a Tercera se produjo en la temporada 2000-01 y esa misma campaña el equipo vuelve a ser líder de su grupo, pero no logró subir a 2ªB tras quedar por detrás del Oviedo B en el grupo final de ascenso. El Rayo subió finalmente en el año 2002-03, cuando quedó en cuarto lugar y, ya en la fase de ascenso, terminó invicto en su grupo final.
En la temporada 2003-04 el equipo queda colista, descendiendo de nuevo a Tercera, categoría en la que juega desde entonces.
Un elemento muy importante para el club fue cuando se decidió en 1991 crear la Escuela Municipal de Fútbol, que sin duda le dio al club una nueva dimensión tanto en lo deportivo como en lo social dentro del municipio.
Se inscriben en la Federación de Fútbol de Madrid, un equipo en cada categoría (benjamín alevín, e infantil). Desde entonces el crecimiento de la Escuela ha sido espectacular.
Otra fecha muy importante en la historia del club fue el 13 de Mayo de 1997 en el que se firmó el convenio de colaboración económico/deportivo entre el Rayo Majadahonda, el At. De Madrid S.A.D. y el Ayuntamiento de Majadahonda.
Desde esa fecha hasta la actualidad, ambos clubes comparten las instalaciones del nuevo Cerro del Espino con el At. de Madrid y una instalación con 2 campos de hierba artificial (LA OLIVA), para las categorías inferiores y la escuela del Rayo Majadahonda.
Fuente: www.rayomajadahonda.es